내년부터 외국법인 국내지점은 내국법인과 마찬가지로 사업연도 소득의 80% 한도에서 이월결손금을 공제받게 된다. 또한 외국법인이 잘못 내거나 더 낸 세금을 돌려받을 수 있는 권리인 경정청구권은 5년(현 3년)으로 늘어난다.

16일 국회 기획재정위원회 조세소위원회(이하 조세소위)에 따르면 조세소위 소속 여야 의원들은 이 같은 내용을 담은 세법개정안을 통과시키자는데 합의했다.

앞서 지난해 정부는 이월결손금 공제한도제를 새로이 만들면서 내국법인에만 적용, 외국법인들은 대상에서 제외시켰다. 이 조세특례로 향후 10년간 수익이 날 경우 각사업연도 소득금액의 80%(중소기업은 100%)한도로 이월결손금만큼 공제해 세금부담을 줄일 수 있다.

이 때문에 외국법인의 과세형평성이 저해된다는 지적이 많았다.

정부를 비롯해 여야 의원들은 이 같은 우려에 공감대를 형성, 내년 1월1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 외국법인에 대해서도 내국법인과 같은 수준의 이월결손금 공제한도(각 사업연도 소득의 80%)를 적용시키자는데 합의한 것이다.

또 조세소위는 외국법인이 조세조약상 제한세율 및 비과세·면제를 적용받지 못했을 때의 경정청구 기한을 늘리는 안에 대해서도 통과시키기로 했다. 현재 세액이 원천징수 된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내 경정청구가 가능하지만 앞으로는 경정청구 기간이 5년으로 늘어난다.

합병 후 5년 내 법인세 부담이 발생할 경우 세액에서 공제된다.

조세소위는 '적격 합병 후 5년 이내 발생한 합병 전 보유자산의 처분손실 공제' 규정을 '합병 전 보유자산의 합병 시 시가와 장부가액 차이만큼만 공제'로 고치기로 합의했다.